Mulai tahun pelajaran 2006/2007 SMA Negeri 2 Rembang yang sebelumnya termasuk Sekolah Kategori Standar meningkat menjadi Sekolah Kategori Mandiri. Proses belajar mengajar menggunakan moving class dan pada akhirnya akan diterapkan sistem SKS sehingga siswa yang mempunyai kemampuan lebih dapat lulus dalam 5 semester.